在達悟族人傳統的觀念中，認為人之所以罹患疾病，是因遭到惡靈附身。患病者常被視為不祥之人，會為周遭帶來厄運。因此，許多病人為社會隔離，無法得到完善的醫療照顧，而這樣的情形尤其以慢性病和重病老人最為嚴重。
本片導演希．雅布書卡嫩（張淑蘭）是蘭嶼島上東清村人，在蘭嶼衛生所擔任護士。她深深感到有必要對被視為惡靈纏身的生病老人給予居家護理，於是集結教會和民間部落的力量，從1997年開始正式在全島招募義工，目的便在徹底落實居家關懷老人的工作。經過三年的努力，至今已有四十多名義工，每週定期為獨居老人及重病患者洗澡、餵食、量血壓及提供其他相關的醫療服務。然而傳統信仰中對惡靈的恐懼還是普遍存在於一般達悟人的心中，淑蘭及義工們常會受到病患本身或家屬的排斥，甚至連女義工的丈夫都會禁止自己的妻子前往服務，怕會因此召來不祥的命運。
淑蘭在接觸攝影機並參與島上的紀錄片訓練班後，企圖藉影像來幫助居家護理工作的推動。由於她不畏艱辛地近身接觸病患老人，攝影機捕捉了許多令人動容的影像，再經過細心的剪輯處理，完成了一部非常精彩而特別的紀錄片。
一年一度對達悟族人來說最具意義的飛魚季即將在四月份開始了，然而清文的媽媽卻不知道清文到底能不能回家。在家中排行老大的清文，為了協助母親扶養七個妹妹和兩個弟弟，在國中畢業後就暫時輟學，開始在台灣本島打工賺錢養活一家人。本片就是導演郭珍弟在春天飛魚季前，前往蘭嶼紀錄清文一家人準備飛魚季的過程，以及期待清文回家的心情。在影片中，我們看到清文畫的一幅幅油畫、親手撿的一顆顆石頭、清文去年與父親一起造船的畫面、以及清文從台灣帶回來送給爸爸的煙斗……。然而，除了造船回憶片段及昔日發黃的照片外，清文卻始終沒有出現在影片裡。他在台灣的哪一個城市角落？做著什麼樣的工作？影片沒有提供答案。
在快速變遷的城鄉發展中，蘭嶼的達悟青年該何去何從？《清文不在家》要呈現的是一個蘭嶼家庭的悲歡離合，也期待能透過如此感性的生活影像，揭露離島原住民在城鄉發展失衡的社會結構中，長久以來所面臨的困境。
達悟族人（Tao）認為飛魚是天神的賜與。每年二、三月在飛魚汛期來臨的時候，每一個達悟部落都會舉行招魚祭，呼喚飛魚回到達悟人的港灣：飛魚回來吧，快回到我們的港灣，你們上來時，我們會用雞血和金箔迎接你們的。這是達悟族人與飛魚之間古老的約定。在飛魚的迴游與達悟人的期待之間，達悟族人與飛魚仍然彼此信守著不變的古老誓約。從神聖虔敬的信仰到勤奮不懈的勞動，達悟族人用生命刻劃、實踐著人之於天、之於地、之於大海的謙卑純樸。時令的律韻輕轉，應對著達悟人世世代代走來，人與自然共處的典範，就在那如風飄、如浪湧般歌聲底心思中……。
在蘭嶼氣象台工作了兩年多後，紀錄片工作者黃祈貿首度拿起攝影機，以極其貼近受訪者的方式，開始忠實的紀錄達悟族人的點滴生活。
本片的主角是住在野銀部落61歲的林新羽先生與他的太太。林新羽先生曾經當選第九屆台東縣議員，但是詭譎的政治生涯並沒有讓他忘卻達悟人純樸自然的生活形態。有天下午，林先生說要去海邊射魚，在經過許可後，與他熟識的黃祈貿於是帶著攝影機拍攝林先生珍貴的射魚畫面。儘管海濤洶湧，但是林先生縱身淺海，以極為嫻熟的射魚技術，輕鬆的射到五隻白毛魚。同時林太太和他們的阿姨、姨丈也在岸邊撿拾海螺。白毛魚、海螺及待會要去田裡採的地瓜，就是林新羽一家人「下午飯的菜」。
達悟族人與海洋共生、與自然共存，他們以最原始簡單的方式、不帶任何一點污染破壞，取得每日所需之糧食及生活工具。「如果要吃魚，我們就到門前的海裡游兩圈，如果要吃飯，我們就到稻田裡挖幾個地瓜。生活應該就是這樣。」這是導演黃祈貿對本片下的最好註腳，而恬適怡然的自然生活，真的本來就該這樣。
影片一開始，漢人人類學者、蘭嶼島上的布農族醫生、和島上達悟族的反核廢運動者坐在海浪拍擊的岸邊談論合作拍攝影片的動機。其中一人說：「我常覺得人類學者在這島上做的研究越多，對我們的傷害就越深……」這部影片是一位民族誌紀錄片工作者對上述質疑的影像回應。
本片導演試圖用鏡頭探索自身的和島上達悟族人的迷惘與困惑。她遊走在島上居民與外來者之間，藉三種身分的人與三個現象來反映達悟族人與外來勢力交接後的矛盾與衝突。
害怕觀光客？在第一個段落中我們看到達悟族人對觀光攝影的抗拒與對金錢的體認與需求；害怕惡靈？在第二個段落中藉著一位自願在蘭嶼服務的布農族醫生的內在反思與陳述，顯現雅美族人傳統文化信仰體系在面對現代醫療觀念時所產生的焦慮與困惑；害怕核廢料？在第三個段落中兩位推動反對核能廢料場設置運動的雅美族年輕人直接面對鏡頭，主觀地敘述他們反核廢場的理由。他們深切地感受到他們所熱愛的、和平的、充滿詩歌韻味的、飛魚汛期與芋田耕作交織的勞動及生活祭儀方式，特別是族人的生命受到了威脅，而族人的尊嚴被漠視與踐踏。這部影片…